Το σίγουρο, πάντως, είναι πως κουβαλά μία μεγάλη ιστορία και η ίδια έγινε ένδοξη και παγκοσμίως γνωστή με το ολοκαύτωμά της κατά την κρητική επανάσταση (1866-1869). Το ολοκαύτωμα στη Μονή Αρκαδίου συνέβη στις 8 Νοεμβρίου το 1866. Μετά από δύο ημέρες πολιορκίας από τους Τούρκους, ο Κωνσταντίνος Γιαμπουδάκης κλείστηκε με άντρες, γυναίκες και παιδιά στην πυριτιδαποθήκη πυροδοτώντας τα βαρέλια με το μπαρούτι. Και γράφτηκε, έτσι μία από τις πιο μαρτυρικές σελίδες στην ιστορία του ελληνικού έθνους. Το ολοκαύτωμα του Αρκαδίου είχε 864 Έλληνες νεκρούς και περίπου 1.500 Τούρκους. Ωστόσο, ήταν το γεγονός συγκλόνισε τον δυτικό κόσμο και η ηρωική αντίσταση των Κρητικών έστρεψε πάνω τους τα βλέμματα των ισχυρών του κόσμου, αλλά και πολλών διανοούμενων, όπως ο Βίκτωρ Ουγκώ. Μετά το ολοκαύτωμα άνοιξε ο δρόμος για την ελευθερία.
Σήμερα, η Μονή Αρκαδίου (έχει αναγνωριστεί ως παγκόσμιο σύμβολο ελευθερίας) αποτελεί πόλο έλξης εκατοντάδων ταξιδιωτών και προσκυνητών. Το μέρος όπου βρίσκεται, είναι κατάφυτο ενώ το πράσινο χρώμα της φύσης δεν χάνεται ούτε τον χειμώνα. Ωστόσο, η ανθοστολισμένη άνοιξη είναι η περίοδος που την προτιμούν πολλοί και κυρίως την περίοδο του Πάσχα, μιας και η μαρτυρική ιστορία της Μονής συναντά σε κλίμα κατάνυξης τα Άγια Πάθη.
