Πέρασαν τα χρόνια, ολοένα και περισσότερος κόσμος συνέρεε στην περιοχή και υπήρξε ανάγκη να δημιουργηθεί ενορία που θα δεχθεί τους πιστούς. Μέχρι τότε, η ευρύτερη περιοχή του Πειραιά υπήγετο εκκλησιαστικά στην Αρχιεπισκοπή Αθηνών. Το πρόβλημα διευθετήθηκε με τη δωρεά της οικογένειας Κουτσοδόντη η οποία διέθεσε το οικόπεδο για να κτισθεί σε πρώτη μορφή (ο ισόγειος) ο Ιερός Ναός και να δημιουργηθεί η νέα ενορία.
Η ιστορία της ενορίας Παναγίας «Ρόδον Αμάραντον» Πειραϊκής, σύμφωνα με τις μαρτυρίες των παλαιών κατοίκων της περιοχής, αρχίζει περίπου το έτος 1890 μ.Χ., όταν κάποιος ψαράς ανέσυρε μία παλαιά εικόνα από τα βράχια της Πειραϊκής η οποία εικόνιζε την Παναγία να κρατά τον Χριστό, καθήμενο σε παιδική ηλικία, κρατώντας στο χέρι ένα «Ρόδον».
Το γεγονός έγινε αμέσως γνωστό στην περιοχή. Μια ευλαβής οικογένεια, ονομαζόμενη Κατσαρού, έχοντας την επιθυμία να προσφέρει «οίκον» προς στέγαση της εικόνας της Παναγίας, με ιδία πρωτοβουλία έκτισε ιδιωτικό παρεκκλήσιο με το όνομα Παναγία «Ρόδον Αμάραντον». Εκεί στεγάσθηκε η παλαιά αυτή εικόνα και λατρεύθηκε από τους κατοίκους της περιοχής.
Πέρασαν τα χρόνια, ολοένα και περισσότερος κόσμος συνέρεε στην περιοχή και υπήρξε ανάγκη να δημιουργηθεί ενορία που θα δεχθεί τους πιστούς. Μέχρι τότε, η ευρύτερη περιοχή του Πειραιά υπήγετο εκκλησιαστικά στην Αρχιεπισκοπή Αθηνών. Το πρόβλημα διευθετήθηκε με τη δωρεά της οικογένειας Κουτσοδόντη η οποία διέθεσε το οικόπεδο για να κτισθεί σε πρώτη μορφή (ο ισόγειος) ο Ιερός Ναός και να δημιουργηθεί η νέα ενορία. Στα επόμενα έτη απαιτήθηκαν αγώνες, και κατεβλήθησαν κόποι και θυσίες για να δοθεί η άδεια κάτι το οποίο επετεύχθει επι δημαρχίας Σκυλίτση.
Το 1973 μ.Χ., ο μακαριστός Μητροπολίτης Πειραιώς κ.κ Χρυσόστομος ο Α΄ τέλεσε τα θυρανοίξια του νέου Ιερού Ναού και τον παρέδωσε προς λατρεία στους ενορίτες πιστούς. Λίγο πριν τα θυρανοίξια, δια Αρχιερατικού γράμματος της Αρχιεπισκοπής Αθηνών, έγινε και επισήμως ενορία ξεχωριστή, η ενορία της Παναγίας Ρόδο Αμάραντο.
Ο πρώτος Ιερός Ναός λειτουργεί κανονικά μέχρι το έτος 1983 μ.Χ. όταν αποφασίζεται από το Εκκλησιαστικό Συμβούλιο να οικοδομηθεί νέος, λαμπρότερος και μεγαλύτερος Ναός πάνω από το ισόγειο. Στο διάστημα αυτό, έχουν διακονήσει αρκετοί ιερείς που έδωσαν ο καθένας την προσωπική του σφραγίδα για την αποπεράτωση, την καλή λειτουργία και ευταξία του οίκου του Θεού: ο αείμνηστος π. Αντώνιος, ο π. Μάξιμος, μετέπειτα Μητροπολίτης Σερρών, ο π. Μιχαήλ Βασιλάκης, ο π. Χαράλαμπος Πετρόγγονας, ο π. Ευάγγελος Μισαργόπουλος, ο π. Ιάκωβος Φραγκιαδάκης, ο αείμνηστος π. Στέφανος Μιχαηλίδης, ο π. Αντώνιος Βάλβης, ο π. Γερμανός Αδραχτάς, ο π. Βενέδικτος, ο οποίος και εργάσθηκε επιμελώς για την ανέγερση του ισογείου του Ναού αλλά και του νέου μεγαλύτερου Ναού. Το έργο για την αποπεράτωση του Ναού όπως αυτός υπάρχει σήμερα διήρκεσε 2 έτη. Προϊστάμενος του Ναού κατά τα έτη αυτά και μέχρι σήμερα είναι ο π. Μιχαήλ Χαλάς με συνεφημέριο τον π. Ιωάννη Μαυροκουκουλάκη.
Το 1986 μ.Χ., ο Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Πειραιώς κ.κ. Καλλίνικος τελεί τα θυρανοίξια και εγκαίνια του νέου λαμπρού Ιερού Ναού της Παναγίας «Ρόδον Αμάραντον», που εορτάζει κάθε χρόνο στον Ακάθιστο Ύμνο.
Το ισόγειο παρεκκλήσιο του Ναού μετονομάστηκε σε «Ταξιάρχη Μιχαήλ της Σύμης» και πανηγυρίζει στις 9 Νοεμβρίου (Η μετονομασία έγινε διότι ο Ταξιάρχης Μιχαήλ της Σύμης τιμάται ιδιαιτέρως από τους Συμιακούς πολλοί εκ των οποίων διαβιούν στην περιοχή της Πειραϊκής).
