Η ποινική έρευνα στρέφεται προς κάθε κατεύθυνση για τη διερεύνηση διάπραξης τυχόν αυτεπαγγέλτως διωκομένων πράξεων, όπως διατάραξη δημόσιας υπηρεσίας, παράνομη βία και παράβαση καθήκοντος.
Η διενέργεια της έρευνας ανατέθηκε στον εισαγγελέα Πρωτοδικών Νικόλαο Μαργαρίτη, ο οποίος άμεσα, λόγω και του κατεπείγοντος χαρακτήρα της έρευνας, αναμένεται να καλέσει ως μάρτυρες και εκπροσώπους των πρυτανικών αρχών.
Ο εισαγγελικός λειτουργός θα αναζητήσει τόσο ευθύνες εκείνων που συμμετέχουν στις καταλήψεις , όσο και τυχόν ευθύνες άλλων προσώπων.
Για το λόγο αυτό, μεταξύ άλλων, θα ερευνηθούν τι ενέργειες έγιναν εκ μέρους των αρμόδιων πρυτανικών αρχών για την αποτροπή των καταλήψεων, καθώς και σε ποιες ενέργειες προχώρησαν οι πρυτανικές αρχές μετά τις καταλήψεις στο πλαίσιο της άσκησης των καθηκόντων τους.
