Αγριολούλουδα, καλαμιές, υδρόβια φυτά που δεν υπάρχουν σε κανένα άλλο σημείο των Επτανήσων, ένα έλος και το κύριο μέρος της λιμνοθάλασσας καλύπτουν σχεδόν 400 στρέμματα, σε ένα από τα ωραιότερα φυσικά τοπία της Κέρκυρας.
Στο σημαντικό υγροβιότοπο έχουν καταγραφεί περισσότερα από 90 είδη αποδημητικών πουλιών, όπως ερωδιούς και κορμοράνους. Στη λιμνοθάλασσα ζει και η βίδρα.
Ξεχωριστή είναι και η χλωρίδα της περιοχής, καθώς εντοπίζονται δεκαέξι είδη ορχιδέας, ενώ στην επιφάνειά της πλέουν και πολλοί κρίνοι. Γι’ αυτό και η λιμνοθάλασσα είναι γνωστή και ως η «λίμνη των κρίνων» ή η «λίμνη της ορχιδέας».
Η λιμνοθάλασσα Αντινιώτη είναι ενταγμένη στο δίκτυο «Natura 2000» και θεωρείται ιδιαίτερα σημαντική για την οικολογική ισορροπία.
