Ο θρύλος θέλει τον Ποσειδώνα να οργίζεται μόλις αντίκρισε το καράβι που χάρισαν οι Φαίακες στον Οδυσσέα για να γυρίσει στην Ιθάκη. Έτσι, γεμάτος θυμό, το ακούμπησε με την τρίαινά του και με τις θεϊκές δυνάμεις του το μετέτρεψε σε βράχο. Άλλη μία εκδοχή θέλει το όνομα του να προέρχεται από το σχήμα του, καθώς κοιτώντας το από ψηλά μοιάζει με μικρό ζωάκι.
Όπως και να έχει, το Ποντικονήσι θεωρείται το σήμα κατατεθέν της Κέρκυρας. Βρίσκεται στην είσοδο του αρχαίου Υλλαϊκού λιμανιού, στη σημερινή λιμνοθάλασσα Χαλικιοπούλου και απέχει από την ξηρά, λιγότερο από μισό μίλι. Και είναι το πρώτο χαρακτηριστικό τοπίο που βλέπει ο επισκέπτης όταν πλησιάζει στο αεροδρόμιο της Κέρκυρας, και βρίσκεται στο γεωγραφικό κέντρο του νησιού, πολύ κοντά στην πόλη ανάμεσα στη χερσόνησο του Κανονιού, το Πέραμα και τις Μπενίτσες.